Lorsqu’un médecin dans le département du Rhône constate un décès sur la voie publique ou dans un lieu privé, que la mort est suspecte ou que les causes ou circonstances du décès lui paraissent douteuses ou tout simplement inconnues, il peut cocher la case « obstacle médico-légal » sur le certificat de décès.
Dès lors, une procédure judiciaire est entamée par la gendarmerie ou la police en charge de la zone où a été trouvé le défunt pour déterminer les causes du décès. Dans le département du Rhône (69), les corps sont alors généralement transférés à l’institut médico légal ou IML, sur ordre du procureur de la République. L’institut médico légal du département du Rhône (69) se trouve à Lyon dans l’enceinte de l’hôpital Edouard Herriot. Le corps du défunt va y subir un examen ou une autopsie à la demande du procureur de la République. Les médecins légistes pratiquent les autopsies.
Le procureur de la République décide ensuite de la nécessité, grâce aux circonstances du décès, au travail d’enquête et aux conclusions rendues lors de l’autopsie, des suites à donner concernant l’enquête.
Lorsque l’enquête est terminée et que la mort n’est plus considérée comme suspecte, l’obstacle médico légal est levé et le tribunal de grande instance du Rhône établit le permis d’inhumer qui autorise la suite des opérations funéraires : inhumation avec ou sans crémation.
C’est n’est qu’à partir de cet instant que le corps est rendu à la famille et sort de l’institut médico légal (IML). Tant que le permis d’inhumer n’a pas été délivré, il n’est pas possible de faire quoi que ce soit avec le défunt (ni habillage, ni soin de conservation et encore moins de procéder aux obsèques).
L’autopsie en elle-même ne dure que quelques heures, mais la procédure peut être beaucoup plus longue en cas de mort suspecte. Le délai peut être très long lorsqu’il faut attendre des résultats d’enquête ADN si le défunt était méconnaissable lors de sa découverte. C’est généralement au moins 3 à 4 semaines d’attente douloureuse pour les familles en deuil.
A noter, en cas d’accident qui pourrait impliquer un tiers, un obstacle médico légal est pratiquement toujours noté sur le certificat de décès. L’autopsie pratiquée par les médecins légistes à l'institut médico légal (IML) permettra de connaître les causes exactes du décès et éventuellement de déterminer des responsabilités.
Parfois, lorsque les familles ont un doute sur les causes d’un décès, elles peuvent elles-mêmes demander à faire pratiquer une autopsie.